Реализовать программу трансплантации органов на самарской земле мечтали многие люди. Несмотря на шальные девяностые, шаги по донорству органов делались в больнице имени Пирогова в Самаре — там было изъято и направлено в Москву несколько донорских органов. Врачи отделения реанимации и диализа больницы Пирогова направляли пациентов на трансплантацию за рубеж и вели их после этого. Активную работу по подготовке к пересадке печени вели и хирурги Медсанчасти ВАЗа в Тольятти. Довольно серьёзно обсуждались перспективы участия итальянских хирургов в трансплантациях печени в Тольятти. Большая подготовительная работа была проведена и в Самарской областной больнице имени М.И. Калинина (теперь — В.Д. Середавина). Инициатором и драйвером этой программы был доцент Ю.А. Зернов. Фанатик, экстремал и горячий приверженец трансплантологии, Юрий Алексеевич сделал все для старта программы трансплантации органов в Самаре. Тем не менее, девяностые оказались сильнее, программу, к сожалению, не удалось реализовать ни в одном из перечисленных учреждений.
В 2005 году программа была реализована на уровне региона при масштабной поддержке губернатора Самарской области К.А. Титова. Было проведено серьёзное переоснащение Клиник СамГМУ, обучен большой штат сотрудников. Руководить созданным Самарским межтерриториальным центром трансплантации почки было поручено молодому доктору наук доценту А.В. Колсанову. Большую организационную работу выполнил директор тогдашних Клиник В.С. Новокшёнов. Многие в тогдашней Самаре с учётом предшествовавшего неудачного опыта не верили в успех этого предприятия, многие посмеивались. Решающую роль в становлении Самарской программы трансплантации сыграл приехавший из Москвы хирург-трансплантолог Р.Б. Ахметшин. Один из опытнейших специалистов-практиков, Равиль Борисович участвовал в становлении службы донорства органов, листа ожидания, лицензировании, обучении врачей и многих других организационных и практических вопросах. Большую роль сыграло участие в программе хирургов клиники факультетской хирургии – профессора А.Н. Вачёва, врачей М.С. Михайлова, О.В. Дмитриева, Д.А. Черновалова. Первую пересадку почки на самарской земле выполнил хирург-трансплантолог Института В.И. Шумакова доцент А.В. Шаршаткин, а все последующие – самарские хирурги.
Первые результаты работы центра, хотя и не отличались существенно от общероссийских трендов, показали, что существуют нерешенные задачи. Для успешной реализации программы трансплантации недостаточно просто хирургов, нефрологов, урологов – нужны трансплантологи. Так как Р.Б. Ахметшин был вынужден вернуться в Москву, команда испытывала необходимость в таком специалисте. Приезд в Самару в 2007 году Б.И. Харитонова, хирурга-трансплантолога с большим практическим опытом вдохнул в работу центра новую жизнь и позволил начать работу на принципиально новом уровне. Борис Игоревич взял на себя труд основного хирурга центра, вел пациентов до и после трансплантации. Большая работа велась по донорству органов. К 2010 году центр начал выполнять 40 трансплантаций почки в год, планировать экстраренальные трансплантации. Появился новый уникальный опыт. Впервые в России М.С. Михайлов с соавторми симультанно выполнили трансплантацию почки и протезирование брюшной аорты при ее аневризме. А.А. Миронов с соавторами при выполнении теста апноэтической оксигенации с успехом предложили применять перфторуглероды. Благодаря тесному сотрудничеству с фтизиатрической службой Самарской области и и лично главными внештатными специалистами И.Л. Цыганковым, Л.А. Барышниковой изучена и выработана оптимальная тактика борьбы с посттрансплантационным туберкулёзом. Врач-хирург И.А. Бардовский изучал оптимальную тактику формирования мочевых анастомозов при трансплантации почки, что позволило ему успешно защитить в 2017 году кандидатскую диссертацию. Б.И. Яремин с соавторами изучал вопросы вычислительной гидродинамики при трансплантации почки, а также прогнозирование исходов трансплантации с использованием суперкомпьютерных вычислений. На базе центра активно велась студенческая наука. Ребята неизменно занимали призовые места на всероссийских конференциях, получали гранты. Результаты научной работы центра докладывались в Москве, Сан-Франциско, Монреале, Бостоне, Аммане и всегда вызывали уважение и живой интерес.
С 2008 года центр оказывает медицинскую помощь жителям не только Самарской области, но и других регионов России — Саратовской, Ульяновской, Оренбургской областей, республик Татарстан и Башкортостан — вплоть до Ленинградской области и Калининграда. Одними из первых в России самарские трансплантологи начали передавать донорские органы в другие регионы.
С 2010 года врачом-хирургом Б.И. Яреминым реализовывалась программа в сотрудничестве с кардиологической службой области по выявлению пациентов с показаниями к трансплантации сердца и направлению их на трансплантацию в федеральные центры других регионов. Участие кардиологов профессора Д.В. Дуплякова, Е.В. Адониной, И.А. Тюриной позволило вывести уровень оказания помощи населению Самарской области при пересадке сердца на мировой уровень. В 2017 году впервые выполнена трансплантация почки пациентке с тяжёлым сахарным диабетом (оперировал Б.И. Яремин).
Коллектив центра проводил беспрецедентную работу с молодёжью. В 2016 году силами студенческой молодёжи впервые в России организовали своими силами общественную акцию и концерт в торговом центре «Мега», посвященный пропаганде вопросов донорства органов и блестяще его провели. Талантливые школьники в 2017 году в Самарском нанограде замечательно провели кейс по трансплантации органов и стали победителями.
В 2018 году вместе коллегами из НИИ скорой помощи имени Н.В. Склифосовского впервые успешно выполнена трансплантация печени в Самаре.
В 2019 году был инициирован диспут о расформировании хирургического отделения пересадки органов, переводе сотрудников в состав клиники пропедевтической хирургии СамГМУ. С резкой критикой данный проект был встречен общественностью и официальными лицами (ассоциация пациентов «Нефро-Лига», академик РАН С.В. Готье, Губернатор Самарской области), вследствие чего отвергнут.